По приказу Военного комиссара Московского военного округа за № 1107 от 20 июня 1919 г. при Белостоцком военном госпитале, дислоцированном в Москве, была открыта Гарнизонная амбулатория, для обслуживания военнослужащих частей и учреждений города Москвы. Гарнизонная амбулатория разместилась в Камергерском переулке д. 3. В дальнейшем, Белостоцкий военный госпиталь был переименован в Красноармейский военный госпиталь № 4, затем в 6-й Московский госпиталь. 1-ая московская гарнизонная амбулатория продолжала свою работу на базе этого госпиталя, как одно из структурных подразделений, имея угловой штамп и круглую печать «6-ой Московский военный госпиталь, 1-я Московская гарнизонная амбулатория». 30 сентября 1923 г. 6-ой Московский военный госпиталь был расформирован. Оборудование, медперсонал переданы в 1-ю Московскую гарнизонную амбулаторию и переведен по новому адресу: Петровский бульвар, дом 8.

В 1934 году Московская гарнизонная амбулатория переименовывается в Московскую гарнизонную поликлинику и в 1940 году переводится в здание по Кропоткинской улице, дом 7.

В 1941 году во время воздушного налета, поликлиника была разрушена и временно разместилась на территории госпиталя им. Н.Н. Бурденко, по адресу: Госпитальная площадь, дом 3.

В 1941 году, когда на территории госпиталя развернули полевой эвакогоспиталь, поликлинику перевели в пустующее здание школы в Лялином переулке. В 1942 году поликлиника вновь была переведена на территорию госпиталя им. Н.Н.Бурденко где и располагалась до 1958 года. В 1948 году поликлиника была переименована в поликлинику № 12 Московского гарнизона.

Вот уже 51 год поликлиника располагается в стенах здания по 1-му Краснокурсантскому проезду, дом 1/5. В соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 10 февраля 2004 г. № 71, приказом Министра обороны Российской Федерации от 28 апреля 2006 г. № 180, Уставом, утвержденным приказом Командующего войсками Московского военного округа от 30 октября 2006 г. № 226, 12 поликлиника Московского гарнизона переименована в Федеральное государственное учреждение «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации (сокращенное название: ФГУ «12 поликлиника МВО» Минобороны России). В августе 1984 г. приказом Командующего войсками МВО от 2 августа 1984 г. № 0195 начальником 12 поликлиники Московского гарнизона был назначен полковник медицинской службы КИСАРЕВ Ю.Н.

С 30.09.1996 года по 23.12.2002 года поликлиникой руководил полковник медицинской службы БЕЛЯЕВ В.А.

23 декабря 2002 г. приказом Министра обороны Российской Федерации от 8.10.2002 г. № 0799 начальником поликлиники назначен полковник медицинской службы НАЗАРОВ О.И., который находился в этой должности до декабря 2008 г.

11 декабря 2008 г. приказом Командующего войсками Московского военного округа от 31.10.2008 г. № 290 временно исполняющим должность начальника поликлиники был назначен подполковник медицинской службы ЗАШЛЯХИН А.Р. После увольнения в запас по достижению предельного возраста 1 июня 2009 г. ЗАШЛЯХИН А.Р. был назначен начальником поликлиники. В соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 10.02.2004 года № 71, приказом Министра обороны Российской Федерации от 28.04.2006 года № 180, Уставом, утвержденным приказом Командующего войсками Московского военного округа № 226 от 30.10.2006 года, 12 поликлиника Московского гарнизона с 4.12.2008 года переименована в Федеральное государственное учреждение «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации (сокращенное название: ФГУ «12 поликлиника МВО» Минобороны России).

В соответствии с Директивой Министра обороны Российской Федерации от 19.01.2009 года № Д-4дсп, директивой Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 17.03.2009 года № 314/6/1049 Федеральное государственное учреждение «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации с 15 мая 2009 года переведено со штата 27/439-51(01) на новый штат 27/129-51(01), утвержденный Заместителем начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации. В соответствии с директивой Министра обороны Российской Федерации от 19.01.2009 года № Д-4 дсп, директивой Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 7.11.2009 года № 314/6/4399 Федеральное государственное учреждение «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации с 23.11.2009 года переведена со штата 27/129-51(01) на новый штат 27/043-51(01).

Во исполнение директив Министра обороны Российской Федерации от 19.01.2009 года № Д-4 дсп, Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 17.03.2009 года № 314/6/1049, указаний Главного военно-медицинского управления Министерства обороны Российской Федерации от 7.04.2009 года № 161/1/1/2156 ФГУ «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации с 01.06.2009 года реорганизована в ФГУ «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации.

В соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации от 26.02.2010 г. № 122, директивами Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 7.11.2009 года № 314/6/4399 и от 5.03.2010 года № 314/6/817 ФГУ «12 поликлиника Московского военного округа» Министерства обороны Российской Федерации с 23.07 2010 г. была реорганизована в форме присоединения с образованием поликлиники (г. Москва, 1-й Краснокурсантский проезд) филиала № 5 ФГУ «3 Центральный военный клинический госпиталь имени А.А. Вишневского Министерства обороны Российской Федерации».

Во исполнение директивы Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации от 13.07.2010 г. № 314/6/2544 поликлиника (г. Москва, 1-й Краснокурсантский проезд) филиала № 5 ФГУ «3 Центральный военный клинический госпиталь имени А.А. Вишневского Министерства обороны Российской Федерации» с 1.09.2010 года была реорганизована в форме присоединения с образованием обособленного структурного подразделения: поликлиника № 12 (г. Москва, 1-й Краснокурсантский проезд) ФГУ «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н.Бурденко Министерства обороны Российской Федерации.

Приказом начальника ФГБУ «ГВКГ им. Н.Н.Бурденко» Минобороны России 1 сентября 2016 г. начальником поликлиники (Краснокурсантский проезд, д. 1/5) назначен СУЗДАЛЬЦЕВ С.В. который руководил поликлиникой по 14.02.2019 года.

С 1 августа 2017 г. в соответствии с Приказом Министра обороны Российской Федерации от 30.12.2016 года № 861 «О совершенствовании структуры военно-медицинских организаций Министерства обороны Российской Федерации» поликлиника была реорганизована в форме присоединения с образованием обособленного структурного подразделения: поликлиника (111033, г. Москва, 1-й Краснокурсантский проезд, д.1/5) ФГБУ «12 КДЦ» Минобороны России.

С 1 мая 2019 г. по 25 сентября начальником поликлиники (Краснокурсантский проезд, д. 1/5) был ВИТУН Григорий Николаевич.

Приказом начальника ФГБУ «12 КДЦ» Минобороны России от 26 сентября 2019 г. № 407 начальником поликлиники был назначен ЦЕЧОЕВ Алихан Муссаевич, исполняющий обязанности начальника поликлиники по настоящее время.