18 ноября 1921 г. в г. Москве на Новинском бульваре приказом Реввоенсовета Республики по Управлению Делами РВСР № 1819 открыта амбулатория для оказания лечебно-диагностической помощи командному составу, солдатам и матросам 1 и 2-го Дома Реввоенсовета, а также работающему в его управлениях гражданскому персоналу.

В феврале 1922 г. амбулатория была переведена во 2-й Дом Народного комиссариата обороны (НКО), в помещения бывших средних торговых рядов на Красной площади. Новый импульс в развитие медицинской помощи больным был внесен с приходом в 1922 г. на должность руководителя амбулатории бригадного врача А.А. Литкенса. В Советской России А.А. Литкенс – личный врач К.Е. Ворошилова. После назначения в 1922 г. руководителем амбулатории Александр Александрович Литкенс предпринял незаурядные усилия для развития её материальной и технической базы. В итоге поликлиника заняла угловой фасад 2 дома НКО (частично выходя на улицу Куйбышева). К 1925 г. в штат амбулатории ввели должности невропатолога и педиатра. Было организовано отделение медицинской помощи на дому. В 1929 г. открыта целесообразно размещенная, удобная, комфортабельная водолечебница и физиотерапевтическое отделение с ингаляториями. Тогда же амбулаторию переименовали в поликлинику 2-го Дома НКО. В 1930 г. открыты ещё три кабинета, ингаляторий с импортным оборудованием для индивидуальной и общей ингаляции. В 1940 г. начал работать рентгеновский кабинет. В 1938 г. А.А. Литкенсу присвоено звание «бригврач».

Поликлиника 2 дома НКО до 1925 г. подчинялась АХО Центрального управления снабжения РККА и им же финансировалось, а позже – АХО Военно-хозяйственного управления РККА.

В мае 1932 г. Поликлиники 1 и 2 домов НКО были объединены с врачебно-санитарной частью управления делами НКО РВС СССР (позже АХО).

15 апреля 1941 г. по решению НКО поликлинику объединили с Центральным военным госпиталем НКО (ныне Центральный военный госпиталь им. П. В. Мандрыки). Возглавил ее бригадный врач Н.П. Белоусов.

После начала Великой Отечественной войны 18 октября 1941 г. Центральный госпиталь и поликлиники с основными кадрами и имуществом выехали из г. Москвы в г. Куйбышев, где была оставлена объединенная поликлиника, а госпиталь проследовал в г. Свердловск. Для обслуживания остающихся в Москве сотрудников НКО в период выезда поликлиник работали небольшие медицинские пункты в 1 и 2 домах НКО.

29 декабря 1941 г. поликлиника выехала в Москву, куда прибыла 1 января 1942 г. и немедленно приступила к работе. В январе в Москву возвратился ЦВГ и снова соединился с поликлиниками.

В послевоенный период поликлинике во 2-м Доме были выделены дополнительные площади на первом этаже, штат пополнился высококвалифицированными кадрами врачей и медицинских сестер.

В начале 1951 г. часть Центральных военных поликлиник из подчинения ЦВКГ им. П.В. Мандрыка передается в подчинение ГВГ им. Н.Н.Бурденко, в т.ч. и поликлиника № 2.

В 1960–70-е годы поликлиника формировала свои кадры в основном из лучших врачей-специалистов ГВКГ им. Н.Н. Бурденко. К концу 1980-х годов общее количество лиц, прикрепленных на медицинское обеспечение, составляло 25–26 тыс. человек.

В 1990 г. после расформирования 1-й Центральной поликлиники МО РФ её медицинский пункт в «Измайлово» был передан в состав 2 Центральной поликлиники МО РФ. В январе 1991 г. по решению руководства Министерства Обороны 2 ЦП МО РФ была передислоцирована на территорию военного городка № 58/1 расположенного в Юго-Восточном административном округе г. Москвы, на улице Академика Скрябина, дом 3.

Уже в конце 1991 г. все подразделения поликлиники были развернуты в полном объеме. В 1996 г. вводится в штат госпитальное отделение (химиотерапии на 10 коек), травматологический, пародонтологический, хирургический (стоматологический), нефрологический, артрологический кабинеты. В 1997 г. введено в действие рентгеновское отделение (компьютерной томографии), в 1999 г. в штат поликлиники включена военно-врачебная комиссия.

В 1999 г. в штат учреждения вводится кабинет медицинского страхования. Филиал поликлиники (при 2 Доме МО РФ) переименован в медицинский пункт (при 2 Доме МО РФ). Медицинский пункт, расположенный в Измайлово, преобразован в филиал поликлиники (Измайлово, 7-я Парковая, д.3, к.1).

1 октября 2003 г. 2 ЦП МО РФ была переформирована в Федеральное государственное учреждение «12 Лечебно-диагностический Центр Министерства обороны Российской Федерации» с общим увеличением штата на 80 единиц.

С 1 декабря 2009 г. директивой Министра обороны Российской Федерации ФГУ «12 ЛДЦ МО РФ» присоединено к Федеральному государственному учреждению «ГВКГ им. Н.Н. Бурденко Министерства обороны Российской Федерации», став его филиалом № 6.

За прошедшие годы учреждение превратилось в мощное специализированное амбулаторное военно-медицинское учреждение, находящееся по уровню медицинского обеспечения в одном ряду с ведущими медицинскими Центрами в г. Москве и имеющее дальнейшие перспективы развития, и способное решать на современном уровне проблемы лечения больных. В Филиале постоянно совершенствуется качество амбулаторно-поликлинической помощи, продолжается внедрение стационарозамещающих технологий, сейчас в поликлинике развёрнуты 6 дневных стационаров, где ежегодно поправляют своё здоровье более 4 тысяч пациентов, что существенно позволяет снизить нагрузку на военные госпитали и санатории Минобороны России. Поликлиника ежедневно принимает до 2000 человек в день, на медицинском обеспечении в разное время находилось около 60 тысяч пациентов из числа военнослужащих, пенсионеров Министерства обороны и членов их семей, гражданского персонала Вооруженных Сил РФ, более 150 тысяч человек указанной категории находится на консультативном медицинском обеспечении. Прием больных осуществляют профессора, доктора и кандидаты медицинских наук, всего более 280 врачей 62 специальностей, им помогают более 380 опытных медицинских сестер. В учреждении развернуты и оснащены современным медицинским оборудованием 119 лечебно-диагностических отделений и кабинетов.

В состав филиала в 2010–2012 гг. входили поликлиники №№ 1, 2, расположенные в районе «Заря» и «Северный» г. Балашиха», в настоящее время структурным подразделением филиала № 6 остается поликлиника № 4 в «Измайлово» г. Москва.

С 1 августа 2017 года Приказом Министра обороны РФ от 30 декабря 2016 года № 861 «О совершенствовании структуры военно-медицинских организаций Министерства обороны Российской Федерации» Филиал № 6 реорганизуется в федеральное государственное бюджетное учреждение «12 консультативно-диагностический центр» Министерства обороны Российской Федерации.