В соответствии с Приказом Министра обороны РФ от 30 декабря 2016 года № 861 «О совершенствовании структуры военно-медицинских организаций Министерства обороны Российской Федерации» 1 августа 2017 года создано федеральное государственное бюджетное учреждение «12 консультативно-диагностический центр» Министерства обороны Российской Федерации.
ФГБУ «12 консультативно-диагностический центр» Минобороны России является самостоятельным специализированным лечебно-профилактическим учреждением амбулаторного звена Вооруженных Сил Российской Федерации.
Федеральное государственное бюджетное учреждение «12 консультативно-диагностический центр» Министерства обороны Российской Федерации осуществляет оказание медицинской помощи военнослужащим управлений и воинских частей центрального подчинения, военным пенсионерам Министерства обороны Российской Федерации, проходившим службу на момент увольнения в указанных учреждениях и воинских частях, а также членам их семей.