Поликлиника федерального государственного учреждения «12 Лечебно — диагностический центр Министерства обороны Российской Федерации», в дальнейшем именуемое Филиал учреждения, создана в соответствии с директивой Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации № 314/6/3348 от 15.11.1998 г. о расформировании 1-й Центральной поликлиники МО РФ с 01.03.2000 г. и включении в штат 2-й Центральной поликлиники медицинского пункта «Измайлово», Директивой Министерства обороны Генерального Штаба вооруженных Сил Российской Федерации № 314/6/2874 от 31.10.2000 г. Медицинский пункт «Измайлово» с 01.01.2001 г. переформирован в Филиал 2-й Центральной поликлиники МО РФ, Директивой Министра обороны от 09.07.2003 г. № Д-43 и приказа начальника ГВМУ МО РФ от 22.07.2003 г. № 279 с 01.10.2003 г. 2 Центральная поликлиника МО РФ переформирована в 12 Лечебно-диагностический центр Министерства обороны Российской Федерации, а филиал поликлиники переформирован в поликлинику Центра. 

Приказом Министра обороны Российской Федерации 2005 г. № 50 «12 Лечебно-диагностический центр Министерства обороны Российской Федерации» реорганизован в филиал № 6 Федерального государственного учреждения «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н. Бурденко Министерства обороны Российской Федерации». На основании Приказа начальника ФГУ «ГВКГ им. Н.Н. Бурденко Минобороны России» от 29.03.2010 г. № 79 «Об организации работы поликлинических структурных подразделений» поликлиника ФГУ «12 Лечебно-диагностический центр Минобороны России» переименована в поликлинику №4 филиала № 6 ФГУ «ГВКГ им. Н.Н. Бурденко Минобороны России».

В соответствии с распоряжением Правительства РФ от 29.03.2012г. №422-р изменен тип федерального бюджетного учреждения «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н. Бурденко Министерства обороны РФ» на федеральное государственное казенное учреждение «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н. Бурденко Министерства обороны РФ».

Приказом Министра обороны Российской Федерации от 30.12.2016 г. № 861 «О совершенствовании структуры военно-медицинских организаций Министерства обороны Российской Федерации», филиал № 6 федерального государственного казенного учреждения «Главного военного клинического госпиталя имени академика Н.Н. Бурденко» Министерства обороны РФ реорганизован в федеральное государственное бюджетное учреждение «12 Клинико-диагностический центр» Министерства обороны Российской Федерации. Поликлиника № 4 филиала № 6 ФГБУ «ГВКГ им. Н.Н.Бурденко» Минобороны России реорганизована в Поликлинику ФГБУ «12 КДЦ» Минобороны России.